Falando de maneira muito básica, e superficial, duas coisas podem ser feitas para proteger.
1) Usar uma espiral (a mola) que seja de material não magnetizável.
2) "Blindar" o interior, onde está o movimento.
Em geral isso não é tão complicado assim, pois (a depender da intensidade do campo magnético) a caixa e seus componentes, se de ferro (ou aço), já podem desviar o fluxo, que sendo assim não passaria pela espiral.
Mas, eu repito, tudo vai depender da intensidade do campo magnético, por isto existem modelos com proteção específica (muitas vezes maior) como os Rolex Miligauss, por exemplo.
Campos magnéticos podem ser gerados por muitas fontes e terem valores maiores ou menores.
Desde telefones celulares (intensidade relativamente baixa - teria que estar bem próximo), tubos de TV antigos (há uma bobina em volta deles que está lá para desmagnetizar o tubo, mas gera um campo - portanto não coloque o relógio sobre eles), até estações com transformadores e afins (as locomotivas elétricas são um caso clássico).
O efeito da magnetização é temporário, cessa com a aplicação de um desmagnetizador adequado.
Nenhum dano maior, permanente, ocorre no movimento.
Alberto